Bis 2007 mussten Steuerpflichtige, die nicht zur Abgabe einer Steuererklärung verpflichtet sind (im Wesentlichen nur Einkünfte aus nichtselbstständiger Arbeit), ihre Steuererklärung innerhalb von zwei Jahren beim Finanzamt einreichen, während allen anderen Steuerzahlern dazu vier Jahre Zeit blieben. Weil diese Ungleichbehandlung von den Gerichten als verfassungswidrig angesehen wurde, haben nun auch Steuerpflichtige, die eine Antragsveranlagung durchführen lassen wollen, vier Jahre Zeit für die Abgabe ihrer Steuererklärung.
Streit gibt es jedoch noch um die Frage, ob die zusätzliche Anlaufhemmung von drei Jahren ebenfalls für diese Gruppe gilt. Mit dieser zusätzlichen Frist bleiben denjenigen, die eine Steuererklärung abgeben müssen, nämlich insgesamt sieben Jahre Zeit. Wichtig ist diese Frage vor allem für diejenigen, die nach der Gesetzesänderung zum 1. Januar 2008 noch eine Steuererklärung für die Jahre 2002 oder 2003 abgegeben haben.
Die Finanzverwaltung vertritt hier den Standpunkt, die dreijährige Anlaufhemmung gelte bei der Antragsveranlagung nicht, während die Finanzgerichte uneinheitlich entscheiden. So haben das Finanzgericht Sachsen und das Finanzgericht Köln im Sinne der Steuerzahler entschieden und sehen eine klare Verpflichtung zur Gleichbehandlung aller Steuerzahler. Dagegen stellt sich das Finanzgericht Baden-Württemberg auf die Seite der Finanzverwaltung. Da nun der Bundesfinanzhof über diese Frage entscheiden muss, ruhen entsprechende Verfahren bei den Finanzämtern zwangsläufig bis zu einer abschließenden Entscheidung.